L'attuale Dipartimento di Musicologia e Beni Culturali è l'esito di una storia iniziata nel 1952 con l'istituzione a Cremona della Scuola di Paleografia Musicale all'interno dell'Università degli Studi di Parma, formalizzando un corso di Paleografia musicale già iniziato nel 1950. La sede era Palazzo Affaitati e il primo direttore fu il prof. Ugo Gualazzini. La Scuola rilasciava il Diploma biennale di Paleografia musicale.
Nel 1970 assunse la denominazione di Scuola di Paleografia e Filologia Musicale, che mantenne quando passò all'Università degli Studi di Pavia con Decreto del Presidente della Repubblica del 30 ottobre 1971. Nel 1972 avvenne il trasferimento a palazzo Raimondi-Bellomi, donato da Walter Stauffer al Comune di Cremona, e fu approvata la collocazione presso la nuova sede della sezione musicologica "Gaetano Cesari" della Biblioteca Statale di Cremona. Nello stesso anno divenne direttore della Scuola il prof. Raffaello Monterosso.
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